MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 116

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187146	CGC	2	6	37	42	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NT_187146	GT	3	6	67	72	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NT_187146	CGC	2	6	73	78	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NT_187146	CTG	2	6	144	149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NT_187146	ACT	2	6	211	216	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NT_187146	AAG	2	6	231	236	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NT_187146	CTGT	2	8	258	265	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NT_187146	CAGCG	2	10	291	300	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NT_187146	TGG	2	6	362	367	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NT_187146	CG	3	6	399	404	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NT_187146	AG	3	6	545	550	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NT_187146	CTG	2	6	592	597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NT_187146	GGC	2	6	604	609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NT_187146	ATCAA	2	10	643	652	60 %	20 %	0 %	20 %	399994763
15	NT_187146	GGC	2	6	665	670	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994763
16	NT_187146	GC	3	6	706	711	0 %	0 %	50 %	50 %	399994763
17	NT_187146	ACG	2	6	734	739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994763
18	NT_187146	AAATC	2	10	824	833	60 %	20 %	0 %	20 %	399994763
19	NT_187146	GCC	3	9	841	849	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399994763
20	NT_187146	GC	4	8	860	867	0 %	0 %	50 %	50 %	399994763
21	NT_187146	CGGC	2	8	897	904	0 %	0 %	50 %	50 %	399994763
22	NT_187146	AGG	2	6	959	964	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399994763
23	NT_187146	CAT	2	6	1023	1028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994763
24	NT_187146	GTC	2	6	1077	1082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399994763
25	NT_187146	GGCG	2	8	1089	1096	0 %	0 %	75 %	25 %	399994763
26	NT_187146	CGG	2	6	1101	1106	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994763
27	NT_187146	GGGCT	2	10	1147	1156	0 %	20 %	60 %	20 %	399994763
28	NT_187146	CAAT	2	8	1175	1182	50 %	25 %	0 %	25 %	399994763
29	NT_187146	TTC	2	6	1322	1327	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399994763
30	NT_187146	AAG	2	6	1345	1350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399994763
31	NT_187146	GAC	2	6	1401	1406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NT_187146	TGCC	2	8	1496	1503	0 %	25 %	25 %	50 %	399994764
33	NT_187146	ATC	2	6	1637	1642	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994764
34	NT_187146	GC	3	6	1692	1697	0 %	0 %	50 %	50 %	399994764
35	NT_187146	GCATG	2	10	1737	1746	20 %	20 %	40 %	20 %	399994765
36	NT_187146	GCG	2	6	1789	1794	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994765
37	NT_187146	CGA	2	6	1874	1879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994765
38	NT_187146	CG	3	6	2000	2005	0 %	0 %	50 %	50 %	399994765
39	NT_187146	ACCG	2	8	2013	2020	25 %	0 %	25 %	50 %	399994765
40	NT_187146	CG	3	6	2019	2024	0 %	0 %	50 %	50 %	399994765
41	NT_187146	GCC	3	9	2058	2066	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399994765
42	NT_187146	CTGC	2	8	2075	2082	0 %	25 %	25 %	50 %	399994765
43	NT_187146	ATC	2	6	2115	2120	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994765
44	NT_187146	GCGA	2	8	2131	2138	25 %	0 %	50 %	25 %	399994765
45	NT_187146	GCC	2	6	2139	2144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399994765
46	NT_187146	TCA	2	6	2209	2214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994765
47	NT_187146	GATT	2	8	2274	2281	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NT_187146	TGA	2	6	2305	2310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NT_187146	GCG	2	6	2364	2369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NT_187146	AG	3	6	2378	2383	50 %	0 %	50 %	0 %	399994766
51	NT_187146	TCA	2	6	2404	2409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994766
52	NT_187146	CGG	2	6	2457	2462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994766
53	NT_187146	GAT	2	6	2478	2483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994766
54	NT_187146	GTCG	2	8	2489	2496	0 %	25 %	50 %	25 %	399994766
55	NT_187146	TTG	2	6	2845	2850	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399994766
56	NT_187146	C	6	6	2867	2872	0 %	0 %	0 %	100 %	399994766
57	NT_187146	TCT	2	6	2994	2999	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399994766
58	NT_187146	ATTG	2	8	3079	3086	25 %	50 %	25 %	0 %	399994766
59	NT_187146	GTC	2	6	3115	3120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399994766
60	NT_187146	T	6	6	3143	3148	0 %	100 %	0 %	0 %	399994766
61	NT_187146	CCT	2	6	3248	3253	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399994766
62	NT_187146	A	7	7	3266	3272	100 %	0 %	0 %	0 %	399994766
63	NT_187146	AGA	2	6	3331	3336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399994766
64	NT_187146	ATCG	2	8	3371	3378	25 %	25 %	25 %	25 %	399994766
65	NT_187146	GAT	2	6	3399	3404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994766
66	NT_187146	GGA	2	6	3417	3422	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399994766
67	NT_187146	CTC	2	6	3492	3497	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399994766
68	NT_187146	TCG	2	6	3511	3516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399994766
69	NT_187146	CAA	2	6	3654	3659	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399994766
70	NT_187146	GACG	2	8	3669	3676	25 %	0 %	50 %	25 %	399994766
71	NT_187146	GAT	2	6	3729	3734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994766
72	NT_187146	CTC	3	9	3735	3743	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399994766
73	NT_187146	GA	3	6	3841	3846	50 %	0 %	50 %	0 %	399994766
74	NT_187146	ACG	2	6	3851	3856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994766
75	NT_187146	CGT	2	6	3992	3997	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399994766
76	NT_187146	ATCG	2	8	4080	4087	25 %	25 %	25 %	25 %	399994766
77	NT_187146	GAC	2	6	4128	4133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994766
78	NT_187146	GAAAC	2	10	4148	4157	60 %	0 %	20 %	20 %	399994766
79	NT_187146	CGG	2	6	4161	4166	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994766
80	NT_187146	GAAAG	2	10	4184	4193	60 %	0 %	40 %	0 %	399994766
81	NT_187146	GC	3	6	4341	4346	0 %	0 %	50 %	50 %	399994767
82	NT_187146	A	6	6	4388	4393	100 %	0 %	0 %	0 %	399994767
83	NT_187146	CAT	2	6	4463	4468	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994767
84	NT_187146	TTC	2	6	4495	4500	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399994767
85	NT_187146	CGG	2	6	4546	4551	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994767
86	NT_187146	GCG	2	6	4702	4707	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994767
87	NT_187146	TGA	2	6	4736	4741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994768
88	NT_187146	CGGT	2	8	4754	4761	0 %	25 %	50 %	25 %	399994768
89	NT_187146	CGA	2	6	4827	4832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994768
90	NT_187146	CG	3	6	4833	4838	0 %	0 %	50 %	50 %	399994768
91	NT_187146	TCCG	2	8	4843	4850	0 %	25 %	25 %	50 %	399994768
92	NT_187146	CGT	2	6	4860	4865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399994768
93	NT_187146	AGC	2	6	5069	5074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994768
94	NT_187146	TC	3	6	5097	5102	0 %	50 %	0 %	50 %	399994768
95	NT_187146	GAT	2	6	5194	5199	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994768
96	NT_187146	AGC	2	6	5534	5539	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994768
97	NT_187146	GAT	2	6	5680	5685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994768
98	NT_187146	CCGA	2	8	5831	5838	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NT_187146	TCA	2	6	5859	5864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NT_187146	GC	3	6	5896	5901	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NT_187146	ATC	2	6	5906	5911	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NT_187146	CTG	2	6	5912	5917	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NT_187146	GGT	2	6	6085	6090	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NT_187146	CCG	2	6	6110	6115	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
105	NT_187146	GAC	2	6	6121	6126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NT_187146	ATG	2	6	6143	6148	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NT_187146	CAGCGC	2	12	6166	6177	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
108	NT_187146	TCG	2	6	6255	6260	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NT_187146	CCG	2	6	6296	6301	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
110	NT_187146	GTCG	2	8	6319	6326	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NT_187146	GAA	2	6	6379	6384	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NT_187146	GTT	2	6	6436	6441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NT_187146	GCC	2	6	6443	6448	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NT_187146	GCCG	2	8	6544	6551	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NT_187146	GCC	2	6	6584	6589	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NT_187146	GC	3	6	6607	6612	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.